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A pesquisa no Campus também acontece por meio de centros, institutos e núcleos temáticos, mantidos pela própria Universidade, agências de fomento e governo federal.
CEPIDs – Centros de Pesquisa, Inovação e Difusão
Os CEPIDs são voltados ao desenvolvimento de pesquisa para aplicações nos setores industrial e governamental e à difusão do conhecimento científico para a sociedade.
| Centro | Coordenador |
| Centro de Pesquisa em Matemática Aplicada à Indústria – CeMEAI | Prof. Dr. José Alberto Cuminato – ICMC |
| Centro de Pesquisa e Inovação em Biodiversidade e Fármacos – CIBFar | Prof. Dr. Glaucius Oliva – IFSC |
| Centro de Pesquisa em Óptica e Fotônica – CEPOF | Prof. Dr. Vanderlei Salvador Bagnato – IFSC |
| Centro de Pesquisa em Óptica e Fotônica – CEPOF | Prof. Dr. Vanderlei Salvador Bagnato – IFSC |
INCTs – Institutos Nacionais de Ciência e Tecnologia
Os INCTs são coordenados pelo Ministério da Ciência e Tecnologia, com gestão operacional do CNPq, e tem como metas: mobilizar e agregar, de forma articulada, os melhores grupos de pesquisa em áreas de fronteira da ciência e em áreas estratégicas para o desenvolvimento sustentável do país; impulsionar a pesquisa científica básica e fundamental competitiva internacionalmente; estimular o desenvolvimento de pesquisa científica e tecnológica de ponta associada a aplicações para promover a inovação e o espírito empreendedor, em estreita articulação com empresas inovadoras, nas áreas do Sistema Brasileiro de Tecnologia (Sibratec).
| Instituto | Coordenador |
| Instituto Nacional de Eletrônica Orgânica (INEO) | Prof. Dr. Roberto Mendonça Faria – IFSC |
| Instituto Nacional de Óptica e Fotônica (INOF) | Prof. Dr. Vanderlei Salvador Bagnato – IFSC |
| National Institute of Science and Technology for Cooperative Autonomous Systems Applied to Security and Environment |
Prof. Dr. Marco Henrique Terra – EESC |
| INCT in Terrestrial Ecotoxicology (INCT-TerrEcotox) | Prof. Dr. Evaldo Luiz Gaeta Espindola – EESC |
NAPs – Núcleos de Apoio à Pesquisa
Os NAPs são órgãos de integração da USP, instituídos com o objetivo de reunir especialistas de uma ou mais Unidades e órgãos em torno de programas de pesquisa de caráter interdisciplinar e/ou de apoio instrumental à pesquisa.
| Centro | Coordenador |
| Núcleo de Pesquisa em Aprendizado de Máquina em Análise de Dados – AMDA | Prof. Dr. André Carlos Ponce de Leon Ferreira de Carvalho – ICMC |
| Centro de Instrumentação para estudos avançados de materiais nanoestruturados e biossistemas – IEA/MNB | Prof. Dr. Igor Polikarpov – IFSC |
| Centro de Tecnologia de Materiais Híbridos – CTMH | Prof. Dr. Antonio Carlos Hernandes – IFSC |
| Centro de Robótica de São Carlos – CRob | Prof. Dr. Marco Henrique Terra – EESC |
| Núcleo de Apoio à Pesquisa do Centro de Matemática e Estatística Aplicadas à Indústria – CeMEAI |
Prof. Dr. José Alberto Cuminato – ICMC |
| Núcleo de Pesquisa em Urbanização e Mundialização – NAPUrb | Prof. Dr. Manoel Antonio Lopes Rodrigues Alves – IAU |
| Núcleo de Pesquisa em Estudos de Linguagem em Arquitetura e Cidade – N.ELAC | Prof. Dr. Paulo Cesar Castral – IAU |
Unidades EMBRAPII
A EMBRAPII foi criada em 2013 em parceria com a Confederação Nacional da Indústria (CNI), o Ministério da Ciência, Tecnologia, Inovação e Comunicações (MCTIC) e o Ministério da Educação (MEC) para atender a necessidade de um conjunto de organizações de pesquisa com alta competência, gerenciadas em um quadro de excelência, capazes de estabelecer parcerias confiáveis com indústrias em processos de inovação.
| Unidade EMBRAPII | Coordenador |
| Unidade EMBRAPII de Biofotônica e Instrumentação | IFSC/USP | Prof. Dr. Vanderlei Salvador Bagnato – IFSC |
| Unidade EMBRAPII de Ciência de Dados | ICMC/USP | Prof. Dr. André Carlos Ponce de Leon Ferreira de Carvalho – ICMC |
