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O Campus da USP em São Carlos oferece, por meio de suas unidades de ensino e pesquisa, 19 programas de pós-graduação, com opções de Mestrado, Mestrado Profissional e Doutorado.
| Programas de Pós-graduação | Unidade | Nível | |
| Arquitetura e Urbanismo | IAU | Mestrado | Doutorado | |
| Bioengenharia | EESC, IQSC, FMRP | Mestrado | Doutorado | |
| Ciências de Computação e Matemática Computacional | ICMC | Mestrado | Doutorado | |
| Ciências da Engenharia Ambiental | EESC | Mestrado | Doutorado | |
| Ciência e Engenharia de Materiais | EESC | Mestrado | Doutorado | |
| Engenharia (Hidráulica e Saneamento) | EESC | Mestrado | Doutorado | |
| Engenharia Civil (Estruturas) | EESC | Mestrado | Doutorado | |
| Engenharia Elétrica | EESC | Mestrado | Doutorado | |
| Engenharia Mecânica | EESC | Mestrado | Doutorado | |
| Engenharia de Produção | EESC | Mestrado | Doutorado | |
| Engenharia de Transportes | EESC | Mestrado | Doutorado | |
| Estatística | ICMC | Mestrado | Doutorado | |
| Física | IFSC | Mestrado | Doutorado | |
| Geotecnia | EESC | Mestrado | Doutorado | |
| Matemática | ICMC | Mestrado | Doutorado | |
| Matemática | REDE PROFMAT | Mestrado Profissional | |
| Matemática, Estatística e Computação Aplicadas à Indústria | ICMC | Mestrado Profissional | |
| Química | IQSC | Mestrado | Doutorado | |
| Rede Nacional para Ensino das Ciências Ambientais | PROFCIAMB | Mestrado Profissional | |
